1. 我院药学楼进行了全面的改造，实现了教学、科研条件和环境的现代化。

2. 我院药化、生药两个学科通过国家重点学科的评审。

3. 我院党委被评为北京大学医学部、北京大学、北京市高校系统先进党委。

4. 我院基础化学实验教学中心顺利通过北京市教委合格评估。

5. 天然药物及仿生药物国家重点实验室通过四年一次的国家重点实验室评估。

6. 张礼和院士当选为国际理论与应用化学联合会有机与生物分子化学分会委员。

7. 王夔、李荣昌教授稀土对细胞结构和功能影响的化学基础获北京市科技进步二等奖；彭师奇教授基于内源性物质的寡肽先导结构研究获北京市科技进步二等奖；齐宪荣副教授载体脂质体的构筑、稳定性及靶向性研究获北京市科技进步三等奖。

8. 我院大药学教学改革与实践，获国家级教育成果二等奖。

9. 2001年我院首次按长学制（6年制）招收学生。

10. 2001年我院自然科学基金申报中标率43%，居医学部所属单位之首。